Es el órgano colectivo representativo de ONG CETSUR. La conforman 6 socios/as, provenientes de las regiones del Biobío y La Araucanía, profesionales, técnicos, monitores/as y especialistas, elegidos por la Asamblea, con una rotación bianual. El Directorio revisa y da las orientaciones sobre el quehacer y el funcionamiento institucional.